Policija je uhitila Josipa Perkovića provodeći tako Europski uhidbeni nalog (EUN). Perkovićevo hapšenje potvrdio je medijima njegov odvjetnik Anto Nobilo, a Jutarnji list je objavio da je na temelju EUN-a u prvim satima 2014. godine slobode lišeno 10 osoba od njih 13 koliko ih se planiralo uhititi. Među uhapšenima je i Zdravko Mustač, nekadašnji šef Službe državne sigurnosti (SDS) u bivšoj Jugoslaviji i Perkovićev nadređeni. Obojicu se tereti za sudjelovanje u organizaciji ubojstva emigranta Stjepana Đurekovića koji je u njemačkom Wolfsrathausenu ubijen 1983. godine. Kao izvršitelj tog ubojstva u Njemačkoj je na doživotnu zatvorsku kaznu osuđen Krunoslav Prates, nekadašnji suradnik SDS-a.
Perković, koji od srpnja, kad je stigao EUN adresiran na njega, nije javno istupao, posljednje se dane provedene na slobodi ipak odlučio medijski aktivirati i poslati određene poruke državnom vrhu. Tako je u intervjuu Večernjem listu (neuobičajeno, razgovor s njim vodilo je čak troje "večernjakovaca": glavni urednik, urednik priloga i novinar) poručio da se ne bi opirao procesu u Hrvatskoj, ali da će se svim pravnim sredstvima boriti protiv izručenja Njemačkoj. Mediji navode da bi u slučaju odugovlačenja postupak izručenja mogao trajati do 60 dana.
Nobilo je najavio da će u slučaju Perkovića i Mustača pokušati dokazati da je nastupila apsolutna zastara, a u tom slučaju od izručenja ne bi bilo ništa. Obojica su u ranijim procesima, kada su bili saslušavani kao svjedoci, tvrdili da nemaju veze s Đurekovićevim ubojstvom i da im se zapravo podmeće. Perković je u intervjuu izjavio i da je proveo vlastitu istragu o Đurekovićevom smaknuću te da zna tko stoji iza toga. Osim medijske akcije, osumnjičeni dvojac dao se i u pravnu kazneno prijavivši Vinka Sindičića za lažno svjedočenje i lažno prijavljivanje kažnjivog djela. Mustač i Perković su ga prijavili zbog iskaza kojeg je Sindičić dao njemačkim istražiteljima Đurekovićevog ubojstva, navevši upravo Perkovića, Mustača i Pratesa kao organizatore smaknuća.
Mustač je još 2006. godine svjedočio u sudskom postupku za Đurekovićevo ubojstvo koji se vodio na sudu u Münchenu. Svjedočeći tada iz zagrebačkog Županijskog suda putem videolinka, Mustač je rekao da nema informacija o organizatorima i izvršiteljima ubojstva. "Među prvima sam saznao za ubojstvo. Čuo sam puno priča o odobrenju njegove likvidacije otkada je otvoren slučaj Prates. No, odgovorno tvrdim da ja za takvo odobrenje u konkretnom slučaju, ali ni u drugim slučajevima, ne znam. U moje vrijeme, a bio sam rukovoditelj službe u Hrvatskoj od 1982., SDS u takve stvari nije bio umiješan", rekao je tada Mustač, ispričavši da je za Đurekovićevo ubojstvo saznao "iz Beograda" te da je potom nazvao Perkovića koji je bio na moru. Perković se odma vratio u Zagreb i iste ga večeri izvjestio da je Đureković doista ubijen, te da će sad sumnja pasti na njih dvojicu jer su "imali svoju agenturu u neposrednoj blizini Đurekovića".
Mustač je ustvrdio da je i SDS proveo istragu o tom ubojstvu, ali bez rezultata. "Surađivali smo i s jednom njemačkom tajnom službom, prije svega po pitanju međunarodnog terorizma, a u ovom slučaju nisu nam ponudili korisne informacije. Hrvatska tu stvar nikada nije do kraja rasvijetlila", rekao je Mustač, koji je tvrdio da iza optužbi njega i Perkovićeva za to ubojstvo stoji osveta.
"Mene i Perkovića smatraju izdajicama, budući da smo se početkom 90-ih pridružili Hrvatskoj", rekao je Mustač, koji je osporavao tezu da su u ubojstvo umješane tajne službe SFRJ, zbog čega ga je i sudac upozorio da, ukoliko je već odlučio odgovarati na pitanja, mora govoriti istinu. "Zbunjuje me kad kažete da jugoslavenske tajne službe ne stoje iza tih napada i ubojstava, pa počinjem sumnjati da ne govorite istinu. Stoga vas molim da razmislite i kažete što znate o umiješanosti službe u ta ubojstva", upozorio ga je tada sudac.
Njemačka policija je naloge za hapšenje Perkovića i Mustača izdala još 2009. godine. Njih se, kao i Ivana Lasića te Borisa Brnelića, sumnjičilo da su odgovorni za Đurekovićevo ubojstvo, dok se Perkovića dodatno sumnjičilo da je 1977. godine nagovarao Josipa Müllera na ubojstvo hrvatskih emigranata Franje Gorete i Stjepana Bilandžića.
Zbog odbijanja Hrvatske da izruči Perkovića (i družinu) došlo je do zahlađenja odnosa s Njemačkom, kao i do sukoba u trenutno vladajućem SDP-u. Saša Perković, sin Josipa Perkovića, na visokom je, iako zapravo neformalnom, obavještajnom položaju kao savjetnik predsjednika Republike za nacionalnu sigurnost. Nakon što je svoju profesionalnu obavještajnu karijeru započeo sredinom devedesetih u Ministarstvu vanjskih poslova, u Ured predsjednika došao je na poziv Stjepana Mesića 2005., a na tom je mjestu ostao i nakon što je za predsjednika izabaran Ivo Josipović.